Der Hauptausschuss koordiniert die Arbeit der Ausschüsse und kontrolliert die Umsetzung der von der Ratsversammlung festgelegten Ziele und Grundsätze. Er ist für die Vorbereitung von Beschlüssen über Ziele und Grundsätze zuständig. Weiterhin obliegt ihm die Entwicklung des von der Ratsversammlung zu beschließenden Berichtswesens und dessen Anwendung bei der Kontrolle der Stadtverwaltung. Er ist steuerndes Organ für den "Konzern Stadt" mit ihren Beteiligungen (Beteiligungscontrolling).

Die Mitglieder des Hauptausschusses kommen auch als Gesellschafterversammlung der Stadtwerke Flensburg (inkl. Töchtern: Aktiv Bus, Flensburger Hafen GmbH und Abfall-Wirtschaftszentrum (AWZ)), der Beschäftigungs- und Qualifizierungsgesellschaft (bequa) sowie der Flensburger Gesellschaft für Stadterneuerung (FGS) zusammen.

In der Regel einmal im Jahr nimmt der Hauptausschuss zudem die Funktion des Polizeibeirats der Stadt Flensburg ein.

Regelmäßig kommt der Hauptausschuss darüber hinaus als Wirtschaftsbeirat mit Vertretern von Wirtschaft und Handel (Wirtschaftsförderungsgesellschaft, Industrie- und Handelskammer, Handwerkskammer, Arbeitgeberverband, Gewerkschaften, Tourismus-Agentur, Vertreter von Einzelhandel und Hochschulen u. a.) zusammen.

In der Gemeindeordnung ist dem Hauptausschuss eine besondere Stellung zugedacht.

Mitglieder der CDU-Fraktion in diesem Ausschuss: Thomas Dethleffsen (Vorsitzender), Barbara Asmussen, Timo Schwendke, Stellvertretende Mitglieder: Karsten Sörensen, Gabriele Stappert, Andreas Rothgaenger